Pour sa 10ème édition, la Coupe de la Ligue change de formule. A partir des 8èmes de finale, la compétition se présente sous forme d'un tableau déterminant pour chaque club le chemin à parcourir pour atteindre la finale.
Les quatre premiers du championnat de Ligue 1 de la saison précédente obtiennent le statut de tête de série. Lyon et Bordeaux, respectivement 1er et 2ème de l'exercice 2005/2006, sont les deux premières têtes de série et donc automatiquement qualifiés pour ces 8èmes (exempté des 16èmes). Lille et Lens, 3ème et 4ème en 2005/2006, sont les deux autres. Chacune des 4 têtes de série sera associée à un quart du tableau final. Elles ne pourront donc pas s'affronter avant les demi-finales.
